Kontenery, dzięki swojej wyjątkowej trwałości oraz funkcjonalności, już od ponad 100 lat znajdują zastosowanie nie tylko w transporcie ale i w innych dziedzinach. Słowo kontener wywodzi się z angielskiego container, czyli pojemnik. W 1886 roku w jednym z czasopism niemieckich pojawiło się ogłoszenie, którego ilustracja pokazywała to, co moglibyśmy dziś uważać za prototyp kontenera.
Pierwowzory kontenerów zaczęto stosować w 1889 w Rosji w formie zdejmowanych skrzyń wagonów, określanych jako Lift-Van (skrzynia przeznaczona do przeładunku dźwigiem), które służyły do przewozu mebli. Także w Anglii i we Francji kontenery były używane już przed 1914 rokiem. W wyniku badań literaturowych ustalono, że pierwszy udokumentowany przewóz lift-van’a, prekursora współczesnego kontenera, został wykonany w 1902 r. przez firm Bowling Green Storage & Van Co. Of New York. Była to relacja Europa-Ameryka Północna.
Pierwsze standardy dla kontenerów w kolejowym transporcie międzynarodowym ustalono w latach 30-tych XX wieku, w latach 50-tych powtórzono to dla Europy Zachodniej. Europa Wschodnia swój standard dostała z ZSRR. Kompromis osiągnięty przez Międzynarodową Organizację Normalizacyjną (ISO) pozwolił ujednolicić wymiary, sposób mocowania, oraz elementy konstrukcji kontenerów
Historia morskiego transportu kontenerowego w Europie zaczyna się wraz z pierwszym statkiem tego typu, który w maju 1966 roku zawinął do portu w Rotterdamie, z ładunkiem liczącym 226 kontenerów. W rotterdamskim porcie powstał później pierwszy w Europie terminal kontenerowy, stając się wtedy jednym z największych portów na świecie.